Nils Holgersson è un ragazzino ribelle e dispettoso, sempre pronto a tormentare gli animali della fattoria dove vive con i genitori. Ma il giorno in cui si azzarda a giocare un brutto scherzo a un folletto, si ritrova di colpo piccolo come un topolino.
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Solo e spaventato, Nils sale sul dorso di Mårten, un papero domestico che sfidando la sua natura si unisce a uno stormo di oche selvatiche nel loro lungo volo migratorio fino in Lapponia. Comincia così il meraviglioso viaggio di Nils attraverso tutta la Svezia, sulle ali del suo papero in cerca di libertà, sotto la guida di Akka, la saggia oca capostormo, e sempre in fuga da Smirre, l'astuta volpe cacciatrice.